Postoje dvije osnovne metode za pripremu karbonskih molekularnih sita: metoda šablona i metoda samo{0}}sastavljanja.
Metoda šablona: Ova metoda uključuje korištenje organskih ili neorganskih šablonskih molekula za formiranje strukture pora pod specifičnim uslovima; molekule šablona se zatim uklanjaju kako bi se dobio materijal ugljičnog molekularnog sita sa definisanom poroznom strukturom. Ugljična molekularna sita pripremljena ovom metodom pokazuju relativno uređenu strukturu pora, kao i visoku specifičnu površinu i volumen pora.
Metoda samosastavljanja: Ova metoda se oslanja na interakcije između atoma ugljika kako bi se formirala uređena struktura pora na visokim temperaturama; naknadna modifikacija površine rezultira materijalom ugljičnog molekularnog sita s visoko poroznom strukturom. Ugljična molekularna sita pripremljena ovom metodom imaju visoku poroznost i hemijsku stabilnost.